Inundaties
De inundatie (onderwaterzetting) vormt het meest kenmerkende onderdeel van een waterlinie. Tot de 19e eeuw werden inundaties gerealiseerd door het doorsteken van dammen en dijken. Vanaf 1815 werd het stellen van inundaties technisch geperfectioneerd. Er kwam een vernuftig stelsel van in- en uitlaten om het waterpeil te beheersen.
Kommen en dijken
De kracht van het inunderen lag in het feit dat het oppervlak van een onderwaterzetting overal gelijk was, maar de ondergrond niet. Een laag water van 40 à 50 cm was voldoende om een gebied niet doorvaarbaar of doorwaadbaar te maken. Een militair ingenieur verdeelde de inundaties in een aantal kommen met verschillende waterpeilen. Soms zijn gewone polderdijken gebruikt als waterkering. In andere gevallen zijn inundatiedijken aangelegd. Waar waterloop en kombegrenzing elkaar kruisten kwam een schotbalksluis om het water (deels) tegen te houden.
Sluizen en duikers
Voor het vullen en op peil houden van de kommen waren er sluizen en duikers. De inundatiesluizen binnen de Linie werkten met schotbalken en schuiven. Er werden telkens nieuwe technieken ontwikkeld om water te beheersen. Jan Blanken, voormalig Inspecteur Generaal van Waterstaat, bedacht bijvoorbeeld de waaiersluis, die tegen hoog water in kon worden geopend.
Vullen van de kommen
Aanvankelijk kwam het inundatiewater uit de Lek (bij Vreeswijk) en de Vecht (bij Muiden). De drie kommen ten noorden van de stad Utrecht werden gevuld met zout water uit de Zuiderzee (later het IJsselmeer). De drie kommen tussen Utrecht en de Lek waren te inunderen met Lekwater via de Vaartse Rijn, inundatiekanalen en de inlaatsluis bij Vreeswijk. Het gebied tussen de Lek en de Waal was in twee kommen verdeeld. Ten noorden van de Linge werd de kom gevuld met Lekwater via een waaiersluis bij het Spoel. De zuidelijke kom kreeg water uit de Waal via een sluis bij Dalem. Beide kommen waren ook te vullen met Lingewater via twee waaiersluizen bij Asperen.
In 1870 kwam er een kom bij. Dankzij de nieuwe inundatiewerken ten noorden van de Lek en tussen de Lek en de Waal kon men nu tussen de 4 à 13 dagen inunderen (voorheen 1 à 4 weken).
In 1930 is het inundatiestelsel voor de derde keer heringericht. Dit had te maken met de Zuiderzeewerken en de aanleg van het Amsterdam-Rijnkanaal. Dit kanaal verdeelde één van de kommen in tweeën. Dit had twee gevaren. De aanvallers konden het water opvoeren, zodat de verdediger wegspoelde. Daarnaast voerde het kanaal het inundatie water af. Om dit gevaar te keren is de Plofsluis in het Amsterdam-Rijnkanaal aangelegd. Bij Pannerden kwam een sperfort. Dit moest voorkomen dat de vijand de watertoevoer van de Nederrijn en Lek kon blokkeren.
Inundatiewet
Behalve voor de vijand vormde de Linie ook een bedreiging voor de bewoners van de inundatiegebieden. Het water verstikte de gewassen. En de achtergebleven zouten en mineralen maakten de bodem lange tijd onbruikbaar. Ten tijde van de Oude Hollandse Waterlinie staken boeren dan ook dijken door om water weg te laten lopen uit gebieden die onder water stonden.
In 1896 kwam de Inundatiewet om inundaties veilig te stellen en schadeloosstellingen te regelen. De schadeloosstellingen waren zo gunstig dat sommige boeren blij waren met bijvoorbeeld een oefening of mobilisatie. De Inundatiewet is nog in werking. De laatste wijzigingen waren in 1989 voor het Nieuw Burgerlijk Wetboek en in 1996 vanwege de Invoeringswet Coördinatiewet Uitzonderingstoestanden.